Zemaljski muzej BiH osnovan je davne 1888. godine i najstarija je moderna kulturna i naučna ustanova zapadnog tipa u zemlji. Prva ideja o osnivanju muzeja seže još u polovinu 19. stoljeća, dok je prostor Bosne i Hercegovine – kao Bosanski pašaluk – pripadao Osmanskom carstvu. Ipak, ideja je realizovana gotovo četiri decenije kasnije dolaskom nove vlasti. Austro-Ugarska je okupirala Bosanski pašaluk 1878. godine, donijevši nove političke i društvene ciljeve, običaje i vrijednosti. Oni su uključivali i promociju nauke kroz istraživanje, akademski i institucionalni razvoj, prenosi agencija Patria.
Kao jedna od još uvijek neistraženih zemalja Balkana, Bosna i Hercegovina je privlačila zanimanje mnogih naučnika, naročito onih iz Austro-Ugarske, ali i pažnju pseudonaučnika i lovaca na blago. To je već prvih godina okupacije rezultiralo iznošenjem spomenika kulture s prostora Bosne i Hercegovine. Takvo je stanje ubrzalo ostvarivanje ideje o osnivanju muzeja: prvo je osnovano Muzejsko društvo, a zatim i Zemaljski muzej 1. februara 1888. godine. Zemaljska vlada, kao osnivač institucije, imenovala je za direktora Muzeja vladinog savjetnika Kostu Hörmanna.
Prostor u kome je Muzej bio prvobitno smješten – u tadašnjem centru grada – ubrzo je postao suviše skučen i nepodesan za zbirku koja je rasla, pa je 1909. godine počela izgradnja novog muzejskog kompleksa od četiri paviljona i Botaničkog vrta, koji je završen i otvoren 1913. Dugo vremena bio je to jedini namjenski izgrađen muzejski kompleks na prostoru bivše Jugoslavije. U njemu je Zemaljski muzej Bosne i Hercegovine smješten i danas.
Zvanično, prvi put za javnost je otvoren 4. oktobra 1913. godine. Nakon 124 godine kontinuiranog rada Zemaljski muzej zbog brojnih problema sa finansiranjem zatvorio je vrata za javnost 4. oktobra 2012. godine, a ponovo je otvoren tek 15. septembra 2015. godine.