Bajrakli džamija, u Gospodar Jevremovoj ulici broj 11, sagrađena je vjerovatno oko 1690. godine kao zadužbina sultana Sulejmana Drugog, piše Danas, prenosi agencija Patria.
U to doba bila je jedna od 273 džamija i posebnih islamskih bogomolja mesdžida, koliko se smatra da ih je bilo u Beogradu za vrijeme turske vladavine.
Prvobitno se zvala Čohadži džamija po trgovcu čohom, odnosno vunom, Hadži-Aliji, koji je bio jedan od zadužbinara. Ovaj naziv džamija je zadržala sve do 1741. godine. U vrijeme austrijske vladavine, od 1717. do 1739. godine, ovaj vjerski objekat pretvoren je bio u katoličku katedralu, a u to vrijeme je srušen i najveći brojh džamija. Tom prilikom srušen je dotadašnji minaret, a stihovi iz Kur'ana kojima su bili ukrašeni zidovi bili su uklonjeni.
Međutim, po povratku Osmanlija na vlast ovoj jednoprostornoj građevini sa kupolom i minaretom vraća se njena prvobitna namjena. Godine 1741. obnovu džamije izvršio je Husein-beg koji je bio ćehaja iliti pomoćnik glavnog osmanlijskog zapovjednika Ali-paše, pa je određeno vrijeme nosila naziv i Husein-ćehajina džamija. Krajem 18. vijeka dobija ime, koje je zadržala do danas, Bajrakli džamija, po barjaku kojim se davao znak drugim džamijama za početak molitve.
Ova džamija u Beogradu prilično je zadržala svoj prvobitni izgled, s obzirom da je više puta obnavljana. Jednu od obnova izvršio je i knez Mihailo Obrenović 1868. godine, nakon čega je postala glavna gradska džamija. U vrijeme srpsko-turskih ratova od 1876. do 1878. godine džamija je bila opustošena i zatvorena, da bi njenu i obnovu vjerske službe izvršio kralj Aleksandar Obrenović 1893. godine.
Bajrakli džamija već dugo predstavlja i kulturno-istorijski spomenik, koji je prvi put bio proglašen i zaštićen još 1935. godine Uredbom o zaštiti beogradskih starina. Isto tako, godine 1946. ova džamija je Odlukom Umjetničkog muzeja proglašena za kulturno dobro od velikog značaja, a ovaj zaštićeni status posjeduje i danas. Od 1945. do 1954. džamija je bila zatvorena, a otvarala se samo o Bajramima. Nakon toga, Zavod za zaštitu spomenika kulture izvršio je njenu restauraciju. Godine 2004. Bajrakli džamija pretrpjela je oštećenja, kada ju je zapalila grupa građana kao odgovor na paljenje srpskih crkava i manastira na Kosovu i Metohiji. Džamija od tada još nije obnovljena.
Unutrašnji zidovi Bajrakli džamije ukrašeni su levhama koje predstavljaju citate iz Kur'ana ispisane arapskim slovima na drvenoj podlozi. Kao i u svakoj džamiji, levha na kojoj piše Allah nalazi se na desnoj strani, dok je sa lijeve strane levha sa ispisanim imenom poslanika Muhammeda. Bajrakli džamija je danas aktivna islamska bogomolja i predstavlja jedinu sačuvanu džamiju u Beogradu. U džamiji se održavaju molitve pet puta dnevno, kao i saborna molitva džuma, što u prevodu s arapskog jezika znači petak kao dan kada se ova molitva i obavlja.