Granična policija BiH uspostavljena je na osnovu Zakona o Državnoj graničnoj službi BiH koji je, u skladu sa svojim ovlaštenjima, 13. januara 2000. godine donio visoki predstavnik u BiH Wolfgang Petritsch, prenosi agencija Patria.
Na 66. sjednici, od 9. februara 2000. godine, Predsjedništvo BiH donijelo je Odluku o imenovanju prvog direktora Državne granične službe i njegovih zamjenika, a na 69. sjednici, održanoj 8. marta 2000. godine, Predsjedništvo BiH je donijelo i Odluku o osnovnim principima organizacije, funkcioniranja i nadležnosti Državne granične službe i Odluku o prijenosu dijela ovlaštenja za provođenje Zakona o državnoj graničnoj službi BiH.
Granična policija BiH počela je operativno raditi 6. juna 2000. godine formiranjem prve jedinice Aerodrom Sarajevo. Stoga se na ovaj datum obilježava Dan Granične policije. Proces preuzimanja poslova nadzora i kontrole prelaska državne granice od entitetskih i kantonalnih MUP-ova tekao je etapno i završen je 30. septembra 2002. godine inauguracijom Jedinice državne granične službe Strmica, a 30. decembra 2002. godine Misija Ujedinjenih naroda u BiH na čelu sa specijalnim predstavnikom generalnog sekretara UN-a i šefom Misije UN-a u BiH Jacquesom Paulom Kleinom akreditovala je Državnu graničnu službu BiH da ispunjava osnovne standarde demokratskog provođenja zakona. Od tada kompletna granica BiH stavljena je pod kontrolu i nadzor, koji se obavljaju na znatno organizovaniji i funkcionalniji način.
Treba napomenuti da je Državna granična služba formirana prije Ministarstva sigurnosti BiH, a donošenjem novog Zakona o Državnoj graničnoj službi u oktobru 2004. godine, ova policijska agencija definirana je kao upravna organizacija u sastavu Ministarstva sigurnosti BiH, s operativnom samostalnošću, osnovana radi obavljanja policijskih poslova u vezi sa nadzorom i kontrolom prelaska granice BiH i drugih poslova propisanih zakonom.
Izmjenama ovog Zakona, koji je stupio na snagu 18. aprila 2007. godine, Državna granična služba BiH preimenovana je u Graničnu policiju Bosne i Hercegovine. Granična policija BiH u svom radu primjenjuje, prije svega, osnovne zakone: Zakon o graničnoj kontroli, Zakon o policijskim službenicima BiH, Zakon o kretanju i boravku stranaca i azilu, Zakon o državnoj službi u institucijama BiH i dr. Među značajnijim dokumentima novijeg datuma važno je istaknuti da su davanjem saglasnosti Vijeća ministra BiH 2013. godine na izmjene i dopune Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji Granične policije omogućena nova radna mjesta za policijske službenike u Jedinici granične policije Doljani u čijoj je nadležnosti novi Međunarodni granični prijelaz Bijača, radna mjesta za strateško planiranje i evropske integracije, zaštitu tajnih i ličnih podataka, te za upošljavanje manjeg broja državnih službenika uspostavljanjem novog Ureda za internu reviziju. Uz ovo, donošenjem novog Pravilnika statusno je osnovan i Zajednički centar za analizu rizika kao unutrašnja organizacijska jedinica u okviru Glavnog ureda Granične policije BiH.
Na čelu GP BiH je Zoran Galić od 16. aprila 2014. godine.